האדמו"ר נהרג על קידוש ה' בהיותו עומד בתפילה. על מותו נכתב בספר "שמע שלמה" בשם הרבי מקוזניץ: "רבי שלמה היה עטוף בטליתו, בקדושת "כתר" והוא שרוי בדבקות נפלאה, לא ראה ולא שמע מאומה. היה ממליך את בורא כל העולמים ושואג בקול גדול ונורא "לך ה' הגדולה והגבורה כי לך ה' הממלכה" באותו זמן מאחורי החלון כיוון חייל רוסי בשם ארמילוס ימ"ש את רובהו מול רבי שלמה הקדוש. נכדו הצעיר של הרבי עמד על ידו ומרוב בהלה משך בטליתו. בשל הנענוע התנער רבי שלמה לרגע מדבקותו, ואז ירה בו הקוזק הרוסי חץ, פצעו קשה מאוד. חמישה ימים לאחר מכן, בכ"ב בתמוז, נפטר מפצעיו רבי שלמה מקרלין, זכותו תגן עלינו". מן הראוי גם לציין מה שצדיקי דורו העידו עליו שהיה לו ניצוץ מנשמת משיח בן יוסף וכמובא בשם האר"י זי"ע שהמשיח בן יוסף יהרג ע"י גוי בשם כזה.
פעם נסע רבי מרדכי מלעכוויטש עם רבו המובהק, רבי שלמה מקרלין בדרך ונכנסו יחד לפונדק. שם הם פגשו עוד צדיק מצדיקי הדור – רבי מרדכי מנעשכיז. ישבו שלשתם יחד ורבי שלמה מקרלין נכנס לדבקות. באותו זמן נכנסו שני גנרלים של הקוזקים לפונדק וראו כיצד יושב יהודי הדור מכובד – רבי שלמה – וכלל לא מגיב למראיהם, לא זע ולא נע. הם התחילו לצעוק עליו חזק שיגיב אך ללא תועלת.
ברוב רוגזם הם שלפו את החרבות והחזיקו אותן על צווארו של רבי שלמה – כל זה לעיני תלמידו המובהק, הקשור אליו כבן ויותר מבן, רבי מרדכי מלעכוויטש.
כאשר הקוזקים ראו שרבי שלמה עדיין לא שם לב אליהם הם הרפו ממנו והלכו משם, אך רושם ממקרה זה נשאר אצל התלמיד, רבי מרדכי: פניו של רבי מרדכי נעשו חוורות כסיד, ועד סוף ימיו – האריך ימים עוד כחמישים שנה – נשאר חוורון בפניו מסיפור זה.
לאחר מכן התבטא רבי מרדכי, מי שבאמת עבר את החוויה, שעכשיו הוא מבין את מאמר חז"ל "אפילו חרב חדה מונחת על צווארו של אדם אל ימנע עצמו מן הרחמים", כלומר, שגם לאחר גזר דין מות יש מקום לבטל את הגזירה על ידי תפלה מקירות הלב, ככתוב על חזקיהו שפנה לקיר והתפלל מקירות הלב.
באחת מנסיעותיו, הגיע רבי שלמה לעיירה בשם פוסטוב. בעיירה זו לא היו עדיין חסידים, ורבי שלמה התאכסן בביתו של אחד מחשובי העיירה – ר' יהודה פוסטובער. כאשר הגיע רבי שלמה לאכסנייתו, שאל את מארחו היכן נמצא המקוה של פוסטוב. ר' יהודה פוסטובער, שכאמור לא היה חסיד, השיב בנימה של ציניות שאין בעיירה מקוה לגברים.
שאלו רבי שלמה מקרלין: האם אין נהר באיזור? ושוב ענה ר' יהודה פוסטובער בנימת ציניות שאין נהר בסביבת העיר.
רבי שלמה מקרלין לא התייאש והמשיך לשאול: האם אין כאן איזה באר מים חיים או מקור מים אחר? השיב לו ר' יהודה פוסטובער, שוב בלגלוג, שיש בעיירה באר מים חיים אחת – והיא נמצאת בחצרו של הכומר, שהוא שונא יהודים כהמן.
כאשר רבי שלמה מקרלין שמע זאת, הוא שמח מאד. בקש ממארחו כמה סדינים – לשם צניעות – ויצא עם חסידיו שליוו אותו בדרכו אל בית הכומר.
הגיעו רבי שלמה וחסידיו אל בית הכומר, נכנסו אל החצר, החסידים פורסים את הסדינים מסביב לבאר ורבי שלמה מקרלין יורד וטובל. הדבר הזה היה חידוש כה מופלא בשביל העירה, עד שכל אנשי העיירה הצטופפו לצפות במחזה – כיצד יהודי טובל בחצר הכומר.
באותו זמן, הכומר ובני ביתו ישבו במרפסת ביתם, והנה הם רואים את כל אנשי העיירה מצטופפים סביב הבית. כאשר שאל הכומר את האנשים מדוע הם התקבצו לביתו, הם הפנו את תשומת לבו שממש מתחת לאפו טובל יהודי בחצר שלו. עד כה הכומר פשוט לא ראה את רבי שלמה מקרלין, אך כעת, כאשר אנשי העיירה סיפרו לו, הוא אכן שם לב ורצה לתפוס אותו – אך ברגע שהכומר ראה את רבי שלמה מקרלין נפל עליו פחד נורא.
רבי שלמה מקרלין חזר לאכסניתו בבית ר' יהודה פוסטובער, הכומר שלח לשם שליחים לתפוס את רבי שלמה, אך גם עליהם נפל פחד גדול והם חזרו בידיים ריקות.
הבין הכומר שלא מדובר באדם פשוט, ולאחר הכל הוא בא בעצמו אל ביתו של ר' יהודה פוסטובער בהכנעה וביקש מבעל הבית רק לראות את פני הצדיק. ר' יהודה פוסטובער העביר את הבקשה לרבי שלמה, אך רבי שלמה השיב שבשום אופן הוא לא מסכים שערל טמא ורשע יראה את פניו.
הכומר חזר לביתו, ור' יהודה פוסטובער שב אל רבי שלמה מקרלין ושאל אותו: רבי, יש לי שאלה אחת לשאול אותך, ואני מבקש שתואיל לענות לי. שאלתי – למה הכומר הזה, שהוא איש רשע, שונא ישראל כהמן, ערל טמא, הכיר שאתה צדיק וקדוש, ואילו אני, היהודי, לא מכיר את זה?
ענה לו רבי שלמה בפשטות נוראה: אתה לא שייך אלי אלא למגיד מליאזנא (אדמו"ר הזקן), סע אליו. ואכן כך היה, ר' יהודה פוסטובער נסע לליאזנא ובסופו של דבר נעשה אחד מגדולי חסידי אדמו"ר הזקן.
מסיפור זה אנו מבינים נקודה עמוקה: גם הרשעים, הגויים, הכי גדולים בעולם, שייכים לאיזה שהוא צדיק. גם כאן, רבי שלמה עושה נס בחצר הכומר, הוא לא נותן לכומר לראות אותו אבל בכל זאת הוא מתקן את הכומר במדה מסוימת. כאשר גוי רשע מכיר בקדושת יהודי, סימן שיש לו שייכות אל אותו יהודי. ואותו יהודי צריך לתקן אותו בצורה כזו או אחרת.
בסופו של דבר רבי שלמה מקרלין לא התיישב בפוסטוב, אך אף על פי כן הגיע לשם בהשגחה פרטית. יתכן שהוא הגיע כדי לקרב את ר' יהודה פוסטובער לחסידות, אך במקביל יתכן מאד שהגיע גם כדי לתקן ולהוציא את הניצוץ מאותו כומר רשע – והתיקון הוא על ידי הכרתו בכך שיש יהודי קדוש.
בספר אגרא דפרקא (אות קמ"ו)
נאמר לי משם קדוש ישראל ה"ה הרב הקדוש מה"ר שלמה מקארלין זצללה"ה הי"ד, שאמר בשם המדרש, בשעה שאמר הקב"ה לאליהו שיצטרך להיות בכל ברית מילה שבישראל, אמר אליהו, אתה ידעת שאני מקנא לשמך ית', הנה אם יהיה הבעל ברית בעל עבירה לא אוכל לסבול להיות שם, והבטיחו השי"ת שיכפר להבעל ברית ואז יהיה ריקן מעבירות, והשיב עוד אפשר יהיה המוהל בעל עבירה, הבטיחו השי"ת שיכפר גם לו, השיב עוד אפשר יהיו הקהל העומדים שם בעלי עבירות ולא אוכל לסבול, הבטיחו השי"ת שיכפר לכל הקהל, כן שמעתי שיצאו הדברים מפי הקדוש הנ"ל, ונ"ל שזה שמרומז בפינחס הוא אליהו, תחת אשר קנא לאלקיו ויכפר על בני ישראל [במדבר כה יג], כי הואיל ומדתו קנאה והוצרך להיות אצל כל ברית ולא יוכל לסבול, עי"ז גורם הכפרה לישראל כי הוצרך השי"ת להבטיחו כנ"ל.
