נולד בחודש תשרי ה'תרפ"ו בעיר העתיקה בירושלים (ישראל) למשפחה ירושלמית ותיקה שהגיעה לארץ ישראל לאחר גירוש ספרד. אביו שנמנה על מייסדי ישיבת "פורת יוסף" בעיר העתיקה מעולם לא גער בו ולא הרים את קולו עליו, חינך אותו לנצל את הזמן ללימוד מתמיד ולא לבזבז זמן בחברת מי שאינו בן תורה.
מילדות שקד על לימוד התורה, היה בקי בכל הש"ס והכל ידעו כי שיחה עמו חייבת להיות מתובלת בדבר תורה. נודע כבעל יראת שמים גדולה, כל שנה לפני הימים הנוראים היה נתקף פחד וחרדה מפני הדין ואמו הייתה רוקחת לו מיני עשבים להקלת המתח.
נשא לאישה את בתו של ראש ישיבת המקובלים "אמת ושלום" [המקובל ר' יוסף חיים שהרבני] וזוגתו סייעה לו לשקוד על תלמודו יומם ולילה.
בשנת ה'תשי"ז מונה למנהל הרוחני של הישיבה, דאג לקליטת הבחורים שעלו מארצות שונות ובאו ללמוד בישיבה ועודדם. מעולם לא הרים את קולו עליהם, ביקר בחשאי בבית תלמידיו על מנת להיוודע למצבם הכלכלי וכאשר גילה כי אחד מתלמידיו חי בפחון עלוב מתוך רעב ללחם ועם זאת מתמסר ללימוד דאג באופן אישי לכל צרכיו.
כאשר התמנה לרב שכונת מלחה בירושלים מסר שיעור יומי קבוע בבית הכנסת המקומי ולאחר מכן עבר בבתי הכנסת בשכונות בקעה, מוסררה וקטמונים והשתדל לקרב יהודים לתורה ולמצוות. שנים רבות מסר שיעור קבוע במסכת אבות בבית כנסת "אוהל רחל" וב"מנחת חינוך". התפלל תפילת ותיקין בשבתות על מנת להגיע לבתי כנסת רבים ככל שניתן ולשאת דרשה. כאשר הוחלט להאריך את יום הלימודים עד השעה 18:00 בערב ולאחר מכן עד השעה 20:00 רכש מכספו הפרטי כל יום 5 ק"ג עוגיות אותם חילק לתלמידים והורה להכין להם כוסות תה. תיקן את אמירת הסליחות בישיבה מראש חודש אלול עד לערב יום הכיפורים ומימן את ארוחות הבוקר למאות התלמידים. בימי בין המצרים ארגן אמירת "תיקון חצות" בחצות היום בישיבה, בחנוכה ובפורים הרגיל את התלמידים לשאת דברי תורה במהלך המסיבות ובשנת ה'תשכ"א החל לעודד אותם לדרוש במהלך כל השנה בבתי כנסת ברחבי הארץ. שימש כחזן בתפילת יום הכפורים וגרם למתפללים להזיל דמעות. הוציא לאור את הקובץ התורני "משואות" בו כתבו ראשי הישיבה ורבניה חידושי תורה.
לאחר שזוגתו נפטרה בחודש טבת ה'תש"ך בגיל 28 שקד על לימוד התורה ביתר שאת והתמסר לחינוך ארבעת ילדיהם שהגדול ביניהם היה בגיל 7 והתינוקת בת 9 חודשים.
כאשר קיבל את הידיעה על פטירת אביו ביום השבת היה בשעת קריאת התורה, מיהר לבית הרפואה כשהוא משנן לעצמו בנעימה מיוחדת את המילים: 'שבת, שבת קודש'. התאפק לא להזיל דמעה ורק לאחר צאת הכוכבים פרץ בבכי עז וקונן על פטירת אביו.
בשנת ה'תשכ"ה ייסד את ישיבת "ראשית חכמה" לזכר אשת נעוריו. חנוונים ורוכלי השוק דאגו למזון לתלמידים וזוגתו השניה (מרת חנה) בישלה עבורם את האוכל. ניהל מחברות בהן רשם את הוצאות והכנסות הישיבה ובסמוך לשמו כתב 'בהתנדבות'. רכש מכספו הפרטי ספרי מוסר – "מסילת ישרים", "קב הישר" ועוד עבור תלמידיו ונודע בענוותנותו.
גאון. עניו. חסיד. קדוש. נודע כעילוי. הרביץ תורה לאלפים ולרבבות במשך שנים רבות. חכמי ירושלים כינו אותו 'הש"ס המהלך'. שימש שנים רבות כבעל תוקע וחזן בית הכנסת. כל ימיו ישב והגה בתורה בשקיקה מיוחדת. מונה לחבר מועצת חכמי התורה של תנועת ש"ס כשהוקמה. ערך את כתב העת התורני בהלכה ובאגדה 'משואות'.
נפטר בערב שבת קודש, י"ב בשבט ה'תשס"ו .ציונו בבית העלמין סנהדריה. בהלווייתו השתתפות רבבות אנשים בראשותם של גדולי ועמודי הדור. חי כ-80 שנים. בנו, ר' בן ציון מונה במקומו כראש ישיבת 'ראשית חוכמה'
אביו: ר' בן-ציון ממייסדי ישיבת 'פורת יוסף' ושימש מרבני הישיבה. מסופר שמעולם לא הכיר צורת מטבע. אמו: מרת אסתריא. אשתו: מרת קלרה בת ר' יוסף שרבני- זיווג ראשון, מרת חנה ברטה בת ר' חדד- זיווג שני.
מרבותיו: הגאונים אביו, ר' בן-ציון, ר'עזרא עטיה. חברותא: הגאון ר' אהליאב חיון. מתלמידיו: הגאונים בניו: ר' עקיבא ור' בן ציון, ר' מרדכי ששון, ר' יצחק דניאל, ר' אהרון ירחי, ר' יוסף שעיו, ר' יצחק צמח, ר' ניסים רפאל, ר' אליעזר רב, ר' בן ציון מוצפי, ר' נתן משה לוי. ילדיו: ר' בן ציון, ר' עקיבא, מרת כוכבית נישאה לר' שמעון זיאת משגיח בישיבת 'ראשית חכמה'. חתן נוסף: ר' שלמה
חנניה. מספריו: •רוח חכמה- על התנ"ך, ש"ס וספר התפילה •ראשית דעת- משיחותיו.
ביתו היה בפשטות גמורה, ולא בפאר והדר, אף שבוודאי יכול להרשות לעצמו ליהנות מתנאים נוחים יותר. כל מי שביקר בביתו שברח' הרב אלפנדרי, בו התגורר עד השנים האחרונות, זוכר את מיטות הברזל שהיו בסלון ביתו, חדר צדדי נוסף ומטבחון קטן. מעל מיטתו התנוססה תמונת אריה גדולה ותו לו. לתמיה הגדולה מדוע תמונת אריה השיב, כי ברצונו לזכות מדי יום את דברי השולחן-ערוך סעיף א' "יתגבר כארי בבוקר לעבודת בוראו". ואכן היה רבינו מתגבר השכם בכל בוקר לעבודת בוראו. בזקנותו, מספרים תלמידיו, כי היו יוצאים מהישיבה בכדי ללוות את הצדיק בדרך. גם בימי חוליו וחולשתו הרבה תמיד כשהגיעו לביתו היה יושב וממתין להם.
באותם ימי העליות הגדולות מארצות המזרח, הגיע תלמיד חדש, שהתגורר בפחון עלוב בקצה העיר. אותו תלמיד הסתיר את מצבו הקשה מעיני הכל, ולמד במסירות, למרות היותו רעב ללחם. היה זה חכם שבתי, שגילה את התנאים המחפירים בהם חי. באותם ימים פעלה הישיבה במתכונת שבה למדו תלמידי הישיבה הקטנה והגדולה רק בשעות היום ואחר הצהריים. הבית של כל אחד מהבחורים היה זה שסיפק להם את הארוחות והלינה. כאשר התנאים בבית היו ירודים, השפיע הדבר באופן ישיר על הריכוז בלמידים, אך לא של תלמיד זה. הרב אטון דאג באופן אישי לכל צרכיו וצמיחתו הרוחנית, עד שנהפך למרביץ תורה בישראל. שנים אחרי, התבטא אותו תלמיד חכם: "הרגשתי,
שחכם שבתי אוהב אותי יותר מאת הילדים שלו!".
כאשר נתקל בבחור, שלא הצליח בלימוד והיה מתקשה, הוא כאב יחד איתו. כאשר בחור נשר מהישיבה ויצא לעבוד, היה יושב ומתאבל על כך, כאילו מדובר בכישלון אישי. ואילו כשראה את רוב תלמידיו עולים ומתעלים בתורה, היה שמח. כשהם שיתפו אותו בחיבורים התורניים שהוציאו לאור, וסיפרו לו על משרות תורניות להם זכו- לא היה מאושר ממנו. אין פלא, שהתלמידים מספרים: "הרגשנו שהוא אוהב אותנו יותר מאשר אהבת אבינו".
למרות מחלתו וזקנותו, המשיך להיות שגור על לשונו המשפט התמידי: "ברוך אומר ועושה!", בעיקר בכל הנוגע לכספי הצדקה הרבים, שעברו תחת ידו. הצדקות שפיזר היו לשם דבר. הוא לא הסכים להשאיר בביתו כספי צדקה שהיו לו, ותמיד התאמץ להשיג כספים נוספים לנזקקים קבועים בהם תמך. כשחלה, בני המשפחה ישבו בחדרו כל הזמן. הוא ביקש, שאיש לא יתבטל מלימודו, אלא ישבו בסמוך למיטתו וילמדו בקול רם. כאשר היה פוקח עיניים ומאזין לשורה, שבה אחז הלומד בגמרא, מיד היה מחליק לתוך הסוגיה כאילו עסק בה בכל הימים האחרונים. בימיו האחרונים הובא מטפל לביתו. כאשר גילה שהאיש יודע פרק בלימוד, הציע לו מיד: "נפתח כולל משלנו ונלמד חברותא". באחד הימים העיר המטפל שהוא עייף ואין לו כוח ללמוד. הרב הביט בו בתימהון ושאל: "אם כן, לשם מה באת?". "לעזור לך", נשמעה התשובה. "לעזור לי זה רק ללמוד איתי!" הסביר ראש הישיבה.
