בשנת 2020 קמה לה מחאת 'הדגלים השחורים', מחאה שהפגינה בכל מוצאי שבת מחוץ למעונו הרשמי של נתניהו בבלפור ודרשה שיתפטר. לראשי המחאה לא היה מושג שהמשטרה מאזינה לכל השיחות וההתכתבויות שלהם, בעזרת שתילת תוכנת המעקב של NSO על הטלפונים שלהם. כך דווח ב'כלכליסט'.
בעקבות החשיפה שמיד תקראו, יו"ר ועדת ביטחון פנים מירב בן ארי תקבע דיון דחוף בנושא השימוש בפגסוס לאיסוף מודיעין מטלפונים של אזרחים. את תוכנת המעקב רכשה המשטרה בשנת 2013, אך רק בשנת 2015 החלה המשטרה בהוראתו של המפכ"ל דאז רוני אלשיך להשתמש בתוכנה.
עם זאת, תוכנת הריגול היא כלי יעיל במאבק נגד הטרור וגילוי מוקדם של פיגועים. אלא שהמשטרה פשוט ריגלה אחר כל אזרח ישראלי שרק רצתה – ללא שהייתה לכך סיבה מיוחדת.
ההוראה לרגל אחרי אזרחים ישראלם שלא עשו כלום – ניתנה על ידי דרגים גבוהים במשטרה, ללא צו בית משפט או פיקוח של שופט. מי שקיבלו את ההוראה וביצעו אותה היו אנשי צוות המבצעים המיוחדים בחטיבת הסייבר "סיגינט" המשטרתית, שכל פעילותה סודית.
בין היתר, המשטרה פרצה באמצעות התוכנה לטלפון של ראש עיר מכהן כדי למצוא נגדו ראיות – והיא אכן מצאה. אלא שהפריצה לא הייתה חוקית וכלל לא הייתה ידוע לשופטים, ולכן 'הלבינה' המשטרה את המידע שבידיה בכך שטענה כי היא קיבלה זאת "ממקורות מודיעניים". בנוסף, תוכנת פגסוס הושתלה בנייד של מקורב לפוליטיקאי בכיר, כדי לנסות למצוא אצלו ראיות בחקירת שחיתות.
המקרים המפחידים יותר – הם מקרים בהם נשתלה התוכנה ללא אישור משפטי בטלפונים של אזרחים כדי למצוא ולאסוף חומרים ומידע שאינם קשורים בהכרח לחקירה ולחשדות, אלא פשוט כדי שבהמשך החומרים הללו ישמשו את החוקרים כדי להפעיל לחץ על נחקרים.
כאמור, מערכת הפגסוס של NSO נרכשה לראשונה על ידי המשטרה בדצמבר 2013, בתקופת המפכ"ל יוחנן דנינו, ונהפכה מבצעית בתקופת המפכ"ל שאחריו, רוני אלשיך. אלשיך מונה לתפקיד בדצמבר 2015, אחרי שירות כסגן ראש השב"כ, והיה בין הדוחפים להגברת השימוש בתוכנת הריגול של NSO.
שרשרת הפיקוד, שיודעת על זהות היעדים ומעבירה את ההנחיה לצוות לעקוב אחריהם, כוללת מספר מצומצם מאוד של קצינים בכירים במשטרה כדי לשמור על מידור, ביניהם ראש חטיבת סיגינט בתקופת אלשיך, תת ניצב יואב חסן, שהיה לפני כן סגן מפקד יחידת 8200 הצה"לית, והוא מונה למפקד סיגינט במרץ 2014,
אלו שביצעו בפועל את החדירה היו קצין טכנולוגיה, קצין מבצעי ושניים או שלושה שוטרים שהם גם אנליסטים. אלשיך יכול היה להורות על שימוש פסול ובלתי מידתי בתוכנה – בעקבות עמימות חוק האזנת סתר, תוך התעלמות משאלות משפטיות מורכבות הנוגעות לזכויות אזרח, הפעלת אמצעים בלתי מידתיים נגד אזרחים ובעיקר פגיעה בפרטיות, שאלות שעולות מאליהן בעת השימוש בכלי של NSO.
מדוברות המשטרה נמסר: "בהמשך לפרסומים בהם לכאורה משטרת ישראל משתמשת בתוכנת ריגול כפי שפורסם הבוקר בכלכליסט ברצוננו להעמיד את הדברים על דיוקם. אין שחר לטענות העולות בכתבה שפורסמה היום. משטרת ישראל תמשיך לפעול בנחישות לאכיפת החוק במדינת ישראל".
"כל פעילות המשטרה בתחום זה הינה על פי דין, על בסיס צווי בימ"ש ונהלי עבודה מוקפדים. בתחום זה קיימות מערכות פיקוח ובקרה מוגברות בתוך הארגון ומחוץ לארגון. צר לנו על הניסיון לגרום נזק לפעילות המשטרה ללא בסיס" נמסר בנוסף.
