ראש הממשלה החליט בפברואר 2013 "להשאיר את מטה המוסד במקומו תוך הבטחת יכולתו לפעול ". באוגוסט 2014 נחתם הסכם 'משולש' (המוסד, משרד האוצר, רשות מקרקעי ישראל) לביצוע שלב א' של תכנית אב לבינוי ולמימונה; קדמה לכך עבודה שגיבש המוסד למימוש צרכי הבינוי והתשתית שלו עד שנת 2040 במסגרת "תכנית אב 2040". תכנית האב כוללת פרויקט רחב היקף ועתיר משאבים. עלות ההסכם 'המשולש' לביצוע שלב א' של תוכנית האב עמדה על 1.5 מיליארד ש"ח. כאשר, אם ימומשו כל התכולות, העלות הנוספת תעמוד על 1.081 מיליארד ש"ח ותסתכם בכ-2.6 מיליארד ש"ח.
בביקורת שערך משרד מבקר המדינה בנושא נבחנה תכנית האב על היבטיה המגוונים – בחינתה, אישורה, תיקוף צרכיה, ממשקי עבודה בין גופים שונים, והתכנון לביצועה. הביקורת נערכה בתקופה שבין אוגוסט 2016 לבין מאי 2018, במוסד, במשרד ראש הממשלה, במשרד האוצר (באגף התקציבים ובאגף החשב הכללי), ברשות מקרקעי ישראל, בנציבות שירות המדינה ובמשרד לענייני מודיעין. הביקורת מתמקדת בהתוויית צרכי כח האדם של המוסד כבסיס לתכנית האב, בתהליך קבלת ההחלטות שהוביל לגיבוש תכנית האב ובהחלטות העוסקות במימון החלקי של שלב א' של התכנית (השלב הראשון המיועד למימוש עד לשנת 2021).
ממצאי הביקורת: הגם שהמוסד הכין תוכנית רב שנתית לבינוי במוסד, המוסד לא השלים עבודה כוללת לבחינת עלויות הקיום שלו המתבססת על תכנית רב-שנתית מפורטת לגידול בכוח האדם. בחינה זו של עלויות הקיום היא נדבך בסיסי להתוויית המענה אותו אמורה תכנית האב לספק לצורכי המוסד ולדרישותיו לשנים לבוא. עוד נמצאו ליקויים בהתוויית צרכי כח האדם של המוסד כבסיס לתוכנית האב, אשר אמורה לספק מענה לגידול במספר העובדים בו. המוסד ביסס את תחזיותיו באשר לגידול הצפוי בנתוני כח האדם על מאפייני הגידול בפועל במשך השנים שעברו, ולא בחן את צרכי הגידול באנשים אל מול המשימות, אותן הם אמורים לבצע. בפרט, לא עלה שנותחו העיסוקים, או שנבחן עומס העבודה המוטל על המועסקים במגוון התפקידים, ולא נמצא שנעשה ניתוח משימות – שממנו אמור להיגזר מספר בעלי התפקידים הייעודיים הדרוש לביצוע אותן המשימות, אנשי המטה והתמיכה הנדרשים.
בנוסף לאלו נמצא כי בעת אישור הפרויקט התקיים בסיס נורמטיבי מוצק, אשר אמור היה לשמש מצפן עבור המטה לביטחון לאומי באשר להתנהלות סדורה ומחייבת בתהליך אישור הפרויקט. היה על המטה לביטחון לאומי לשמש עין בוחנת של הפרויקט ברמה הלאומית, ומשום כך, היה עליו להיות ציר מרכזי בהליך קבלת ההחלטות בעניין תכנית האב לבינוי במוסד, נוכח חשיבותה המבצעית ובה בעת נוכח עלותה הכספית הגבוהה.
עוד נמצא כי תכנית האב לבינוי ותקציב הפרויקט לא הובאו לאישור בפני ראש הממשלה כשר הממונה ולאחר מכן התכנית ותקצובה לא הובאו לאישור ועדת שרים לעניין אישור תכניות פיתוח והצטיידות של מערכת הביטחון כנדרש לגבי פרויקטים שעלותם נאמדת בסכום העולה על 500 מיליוני ש"ח (בתקציב רב-שנתי). המוסד לא סיכם עם משרד האוצר עד למועד סיום הביקורת את מלוא תקציב הפרויקט: זאת, על אף שהתוכנית תוקצבה מלכתחילה, כאמור, בסך של כ- 1.5 מיליארד ש"ח. אם יממש המוסד את כל התכולות אותן הציג, אזי לעלויות תכנית האב יתווספו כ- 1.081 מיליארד ש"ח ועלויותיה צפויות להסתכם בכ- 2.6 מיליארד ש"ח. מבקר המדינה אנגלמן ממליץ, כי המוסד יביא פרויקטי בינוי מרכזיים תומכי לחימה בעלויות המחויבות לאישור השר הממונה – ראש הממשלה – ובאמצעות המטה לביטחון לאומי לאישור ועדת שרים רלוונטית. כמו כן, ממליץ מבקר המדינה לאשר את מלוא עלויות פרויקטים טרם היציאה לדרך, גם במקרים של תקציב לפי שלבים.
