בית המשפט העליון קיבל את טענות סנגורי נתניהו, עוה״ד בעז בן צור ועמית חדד והורה לפרקליטות להעביר לידיהם חומרים נוספים שעד כה סירבה הפרקליטות להעביר.
בית המשפט מתח ביקורת על כך שרשויות התביעה לא העבירו להגנה עדכון במקרים שבהם נודע לתביעה שהתמלילים שנמסרו אינם מדויקים ונקבע כי "התנהלות מעין זו גובלת בהטעיית ראש הממשלה, עלולה לפגוע בהגנתו, וודאי שאינה מתיישבת עם חובת ההגינות הכללית המוטלת על רשויות התביעה".
עוד קבע בית המשפט העליון כי על הפרקליטות להעביר להגנה רישום על פעולות חקירה שבוצעו במכשיר הטלפון של אחד מעדי המדינה בתיק; טיוטת הסכם העסקה של ניר חפץ בקבוצת בזק שיכולה להעיד שחפץ פעל על דעת עצמו, אף שהצהיר שהוא פועל בשמו של ראש הממשלה; וחומרים שנכללו בחפיפה ששלמה פילבר בתפקיד מנכ"ל משרד התקשורת.
בנוסף נקבע, כי על הפרקליטות לאפשר למומחים מטעם ההגנה לבצע פעולות במכשיר טלפון של אילן ישועה, לשחזור שיחות מחוקות ולהעביר חומר המתעד את האופן שבו נמסרו לישועה פרטי קשר של החוקרים שניהלו עמו תכתובות. עוד נקבע כי בית המשפט המחוזי לעיין – "בחומרי תיק 1000 הישן כדי לקבוע אם יש בהם חומרי חקירה רלבנטיים".
לאחר הגשת כתב האישום בתיקי האלפים בינואר 2020 העבירה הפרקליטות את חומרי החקירה לנאשמים כדי שיוכלו לגבש את קו ההגנה ולהגיש את המענה לעבירות המיוחסות להם בכתב האישום. לטענת הנאשמים – ראש הממשלה בנימין נתניהו, שאול אלוביץ' ורעייתו איריס אלוביץ' ונוני מוזס – הפרקליטות לא העבירה להם מסמכים רבים הרלוונטיים להגנתם.
מהפרקליטות נמסר בתגובה: "בית המשפט קיבל את רובן הגדול של טענות התביעה בעררים. מתוך 35 הפריטים שהתבקשו בערר על ידי סנגורי נתניהו – בית המשפט הורה להעביר לידיהם כחמישה בלבד. ערר סנגורי מוזס נדחה לחלוטין. גם לעניין קבלת טענותיהם הספורות של העוררים הדגיש בית משפט כי ננקטה גישה מרחיבה באשר לפרשנות סעיף החוק המחייב העברת חומרים להגנה. לאורך הדרך טענה ההגנה טענות שונות בדבר 'הסתרה שערורייתית של חומרי חקירה מטעם רשויות האכיפה. טענות אלה לא התקבלו בבית המשפט המחוזי ובית המשפט העליון".
