הקומנדו הימי של חמאס מחזיק בצוללות אוטונומיות מוכוונות GPS המסוגלות לשאת מטען במשקל של 50 ק"ג במטרה לבצע פיגוע בשטח מדינת ישראל. חלקן הושמדו בימים האחרונים כחלק מתקיפות צה"ל במסגרת מבצע "שומר החומות". במערכת הבטחון אומרים כי ייתכן ולחמאס נשארו עד 3 צוללות שכאלה.
לאחר מבצע "צוק איתן", עם הפגיעה במנהרות חמאס והקמת המכשול היבשתי בגבול רצועת עזה, החל חמאס להשקיע בצורה משמעותית בפיתוח תשתית ימית במטרה להוציא פיגועים נגד ישראל דרך הים. עם התקדמות המצבע הצבאי ברצועת עזה משוכנים גורמי בטחון כי לארגוני הטרור ברצועה, חמאס וגא"פ, נגרמה פגיעה משמעותית בתחום הימי באמצעות עשרות תקיפות שלמעשה מונעות מהן לצאת אל המים.
כחלק מפעילות חיל הים, זיהו כי ארגוני הטרור ניסו לבצע ירי לעבר אסדת הגז הנמצאת במרחק של 20 ק"מ מהרצועה, אולם מאחר ומדובר בכלי נשק סטטיסטי הרקטות נפלו לים. בכדי לא לקחת סיכון, הופסקה פעילות האסדה בהחלטה של משרד האנרגיה שמנהל את משק האנרגיה בישראל, אולם במערכת הבטחון החליטו שלא לקחת סיכון והציבו על אחד מכלי השייט של חיל הים משגרי כיפת ברזל בכדי לסכל ניסיון פגיעה באתר האסטרטגי.
ארגוני הטרור ברצועת עזה, בעיקר כוחות הקומנדו הימי של חמאס, מחזיקים באמצעים מתקדמים נוספים בניסיונות לבצע פיגועים מהים. בין היתר באמצעות "סקוטרים", סירות קומנדו מהירות, מל"טים מדויקים, ציוד צלילה- רובם המוחלט הושמד על ידי צה"ל.
במערכת הבטחון אמרו כיום לחמאס נשללה היכולת הימית עם תקיפת מעל 15 מחסנים ומוצבים, עשרות כלי שייט ומספר צוללות לא מאוישות שהיו מוכנות לרגע פקודה. בנוסף תקפו כלי שייט של חיל הים וחיל האוויר תשתיות של חמאס משם היו אמורים פעילי חמאס לצאת למשימות נגד ישראל. "פעילי הקומנדו הימי של חמאס נמצאים בסיר לחץ בגלל מה שעשינו להם", אמר הגורם. "ייתכן שהם ינסו אותנו אבל אנחנו מוכנים".
במסגרת התקיפות ברצועת עזה, חיל הים לקח חלק פעיל בתקיפות ולצד מטרות הקשורות לפעילות הימית, ביצע גם תקיפות עבור בנק המטרות של פיקוד דרום. כיום, כך אמרו גורמי ביטחון, חייל הים סיים את בנק המטרות שלו ברצועת עזה.
