מנהג יפה נהגו בימי בין המצרים לומר 'תיקון חצות' בכל יום בשלושת השבועות עד ט' באב בצהרי היום, המנהג מוזכר בשולחן ערוך שראוי לכל ירא שמים שיהא מיצר ודואג על חורבן בית המקדש.
לקראת יז' בתמוז, במועצה הדתית הפיצו עלון שחולק לבתי הכנסת המעורר את החשיבות לומר "תיקון חצות" לאחר תפילת מנחה בכל יום בצהריים בימים אלו של בין המצרים עד ערב תשעה באב.
מנהג זה השתרש רבות אצל כל העדות והחוגים בבתי הכנסת ובישיבות אשר קוראים 'תיקון חצות' כאשר הם יושבים על הארץ או על כסא נמוך וקוראים את הסדר "תיקון רחל" ובו מוזכרים פסוקים וקינות המזכירים את צער חורבן בית המקדש.
בבית הכנסת 'תפארת רפאל' שברובע הסיטי הנהיג הרה"ג רבי מאיר אבוחצירא רב השכונה וראש הכולל להוראה 'תורה לשמה' נוהגים בכל יום מיד לאחר תפילת המנחה בחצות היום, לומר את ה'תיקון חצות' כאשר המתפללים יושבים על ריצפת בית הכנסת ומצטרפים לאמירת תיקון חצות והקינות.
לאחר מכן הגר"מ אבוחצירא משמיע דברי התעוררות בענין החורבן והציפיה לבנין בית הבחירה ע"י חיזוק בהנהגות שבין אדם לחבירו, וכן הצורך והזהירות בענין קדושת העינים, כן הדגיש את המעלה שאדם מוריד דמעות בעת אמירת הקינות שמביע את צערו על חורבן בית המקדש ומבין את גודל ההפסד בחסרונו שעדיין לא זכינו שנבנה עד עכשיו.
עוד הזכיר בשם רבינו האר"י ז"ל "שמנהג טוב וכשר הוא מאוד לכל בעל נפש לשבת באבלות אחר חצי היום בכל אלו הימים ולבכות בכיה ממש על חורבן הבית".
