דו"ח מבקר המדינה הצביע גם על כשלים בהתנהלות בית נשיא המדינה בשבע השנים האחרונות בתקופת כהונתו של הנשיא התשיעי שמעון פרס.
בין היתר הצביע המבקר על ליקויים בניהול כוח האדם, הכספים, הרכש, תכנון העבודה והתקציב בבית הנשיא, על בעיות תקציביות בועידת הנשיא, ועל התנהלות בעיתית בהעסקת עובדים ללא הקפדה על כל הנהלים הנדרשים.
כתבנו בנצי ליזרוביץ מבשר כי בתגובה שפרסמה לשכת הנשיא התשיעי שמעון פרס הובהר כי הנהלת בית הנשיא התשיעי מברכת על מסקנות מבקר-המדינה ונטען כי רוב הליקויים עליהם הצביע כבר תוקנו.
