הניו יורק טיימס מדווח כי ישראל ביצעה בשנתיים החולפות יותר ממאה תקיפות אוויריות נגד מטרות של זרוע דאעש בחצי האי סיני – באישור המצרים. לפי הדיווח, זהו חלק משיתוף פעולה חסר תקדים בין שתי האויבות לשעבר, שפועלות נגד ארגון "המדינה האסלאמית" (דאעש) בצפון חצי האי סיני.
לפי הדיווח, הסיוע הישראלי למצרים החל אחרי הפלת המטוס הרוסי בדרום סיני באוקטובר 2015, שהיה השיא במתקפות של דאעש בחצי האי. מאות חיילים ושוטרים נהרגו לפני כן, ולוחמי הארגון הצליחו אף להשתלט לזמן קצר על עיירה באזור. התקיפות, כך דווח, אירעו לעתים בקצב של יותר מפעם אחת בשבוע, כולן באישורו של א-סיסי, שהבין כי הוא לא מצליח להתמודד מול ארגון הטרור הרצחני.
הדיווח מתבסס על שבעה גורמים אמריקניים ובריטיים בעבר ובהווה שהיו מעורבים בנעשה באזור. הם שמרו על עילום שם בשל רגישות הנושא. בירושלים ובקהיר סירבו להתייחס לכך. לדברי הגורמים, בתקיפות השתתפו כלי טיס בלתי-מאוישים, מסוקי קרב ומטוסי קרב. שיתוף הפעולה הזה, נכתב בניו יורק טיימס, מסמן שלב חדש ביחסים הטעונים בין מצרים לישראל, שהפכו כך או אחרת לבנות ברית סודיות במלחמה חשאית נגד אויב משותף.
לפי הגורמים האמריקניים, בניסיון לטשטש את המעורבות של ישראל במערכה האווירית נגד דאעש במצרים, המל"טים אינם מסומנים ואילו מטוסי הקרב ומסוקי הקרב הסתירו את זהותם. חלקם אף טסו במסלולים מעגליים כדי ליצור את הרושם שהם יצאו מבסיסים בתוך מצרים. הגורמים האמריקניים יחסו לתקיפות הישראליות גם את חיסולם של כמה מנהיגים בכירים בשורות דאעש בסיני, לצד תרעומת מסוימת על הצד המצרי – בירושלים טוענים כי קהיר לא עמדה בחלקה בהסכם, ולא שלחה כוחות קרקעיים לאחר התקיפות האוויריות, כפי הנדרש.
בנוסף לכך, בישראל טוענים כי על מצרים לפעול יותר נגד התעמולה האנטי-ישראלית הנפוצה בכלי התקשורת הממלכתיים. בין היתר, קהיר הייתה זו שהעלתה בפני מועצת הביטחון של האו"ם את הצעת הגינוי נגד ההכרה האמריקנית בירושלים כבירת ישראל, על אף שמאחורי הקלעים – לפי דיווח של הניו יורק טיימס בחודש שעבר – פעלה כדי להשקיט את הביקורת בכלי התקשורת מבית.
למרות זאת, גם במישור הדיפלומטי חל שינוי לאחרונה, לאחר שא-סיסי וראש הממשלה בנימין נתניהו נועדו לראשונה בגלוי, כשנפגשו בספטמבר בניו יורק לפני העצרת הכללית של האו"ם. נשיא מצרים, לשעבר מפקד הצבא, הוא חלק מאליטת הגנרלים שהידקה את יחסיה עם בכירי צה"ל מאז הסכם השלום ב-1979.
עלייתו לשלטון בהפיכה צבאית הייתה בשורה משמחת עבור ישראל, שחששה מהשלכות שלטונו של מוחמד מורסי, איש "האחים המוסלמים", שניצח בבחירות ב-2012. מורסי סולק ונכלא, ולפי הניו יורק טיימס, ישראל לחצה על ארצות הברית – אז תחת ממשלו של ברק אובמה – להכיר במשטר הצבאי החדש.
היחסים בין אובמה לא-סיסי היו מתוחים בשל הדיכוי האלים של מתנגדי המשטר ותומכי "האחים המוסלמים", אך אלו לא הפריעו לירושלים ולקהיר להתקרב. במקביל, ארגון הג'יהאד המרכזי בסיני – אנסאר בית אל-מקדס – החל להפנות את מרצו לפגיעה בשלטון הצבאי החילוני ולא רק בישראל.
באוגוסט 2013, כמה שבועות לאחר עליית א-סיסי לשלטון, נהרגו חמישה פעילי טרור בשני פיצוצים מסתוריים בצפון סיני, בסמוך לגבול עם ישראל. בסוכנות הידיעות אי-פי צוטטו גורמים מצריים שאמרו כי מל"טים ישראליים שיגרו טילים לעברם, בשל אזהרה מקהיר מפני מתקפה אפשרית מעבר לגבול על שדה התעופה באילת.
