מעמד מרומם ורב רושם של קבלת התורה התקיים בישיבת 'בני יששכר' בחדרה. במשך יומיים של שבת וערב שבועות שקדו התלמידים על תלמודם בסדרים רצופים של שעות ארוכות. על אלו נלוו שיחות מוסר של רבני הישיבה, שהפליגו במעלת יום מתן תורה שהוא כפי שמובא בספרים יום הדין של תורה ולימוד התורה של כל השנה נגזר באותו היום.
לחג השבועות קדמו ימי הכנה של ימי ספירת העומר שהוקדשו בישיבה ללימוד ולחיזוק דיבוק חברים, שהוא אבן יסוד בישיבה. תלמידי הישיבה קבעו סדרי לימוד מיוחדים בקנייני התורה ובפרט בסוגיות העוסקות במעלת דיבוק חברים, שמלבד השייכות שלו לימי ספירת העומר שבהם מתו תלמידי רבי עקיבא, הוא גם אחד מהקניינים הגדולים שהתורה נקנית בהם. כמו כן ניתן דגש לכתיבת חידושי תורה שכפי המסור מגדולי ישראל, הוא קניין גדול לבני עלייה וכל גדולי הדורות צמחו וגדלו דרך כתיבת חידושי תורה. בשיחה שקיימו לאחרונה הנהלת הישיבה במעונו של מרן שר התורה הגאון הגדול רבי חיים קנייבסקי שליט"א, הוא שב וחיזק באוזניהם את החשיבות הגדולה שייחס מרן החזו"א זיע"א, לכתיבת חידושי תורה ובפרט על ידי נערים בשנות הישיבה קטנה.
עניין הדיבוק חברים בא לידי ביטוי גם ביחס לתלמידים החדשים המתעדים לפקוד את ספסלי הישיבה באלול הקרוב. בישיבה התקבע המנהג שמעמד ההדלקה בל"ג בעומר נעשה בהשתתפות התלמידים שיחלו את פרק לימודם בישיבה בשנת הלימודים הבאה. מעמד זה מחזק את הקשר של התלמידים החדשים לישיבה ומלמד אותם הלכה למעשה פרק בכוח של דיבוק חברים שהוא כאמור נושא חושב ומודגש בהליכותיהם של תלמידי ישיבת 'בני יששכר'.
