בעקבות המשך פעולותיו החד צדדיות של יו"ר המועצה הדתית בירושלים מר יהושע ישי כנגד ארגוני הכשרות ומשגיחהם, יו"ר ההסתדרות במרחב ירושלים דניאל בונפיל שיגר מכתב אזהרה לחדול מיידית מכל פעולה נגד תנאי העסקתם של משגיחי הכשרות,
במכתב ששיגר כתב בונפיל: "מתוקף תפקידי כיו"ר הסתדרות העובדים הכללית החדשה במרחב ירושלים הריני לפנות אליך, כאשר המועצה דתית בראשותך פועלת מזה זמן רב לפיטוריהם של משגיחי כשרות ממקומות עבודתם, והעברתם להעסקה על ידי חברות כח אדם, העברת משגיחי הכשרות להעסקה באופן כזה פוגעת בצורה קשה בזכויותם". בונפיל כותב כי, "לאור האמור, הנך נדרש לחדול מיידית מכל פעולה שיש בה כדי לפגוע בתנאי העסקתם של משגיחי הכשרות, ולקיים פגישת מו"מ דחופה בנושא בהשתתפות נציגי ההסתדרות וועד העובדים".
המועצה הדתית בעיר חולשת על פעילותם של מאות משגיחי כשרות, שבוחנים יותר מאלף עסקים בבירה, מפעילה מערך מקוואות ומעניקה תעודות נישואים. בדו"חות שפרסמו מבקרי המדינה במהלך השנים נחשפו מחדלים שונים בעבודת המועצה. כך למשל, ב־2010 נחשף ש־19 מתוך 27 רבני שכונות יצאו ליותר מאלף ימים בחו"ל בסך הכל ורק שניים דיווחו על כך. עוד עולה כי בשנתיים שקדמו לביקורת טס אחד הרבנים ליותר מ־200 ימים, כשבאחת מנסיעותיו שהה בחו"ל כחודשיים רצופים, שעבורם שילמה המועצה לרב שכר מלא. יצוין כי בדו"ח מבקר המדינה האחרון נחשפה התנהלות כזו גם בקרב רבני ערים ברחבי הארץ. לא ברור אם הליקויים בתחום זה תוקנו במועצה הדתית בירושלים.
ישי נחקר בעבר בחשד לשחיתות, אך התיק נסגר בשל חוסר ראיות. במשרד לשירותי דת אמרו בעבר כי דווקא סגירת התיק היא ההזדמנות לפתוח נגדו בהליך משמעתי שיוביל להדחתו. האבסורד: עם תחילת ההליך התפזרה הכנסת העשרים, הבחירות לכנסת הוקדמו ומינוי בכירים אסור על פי החוק בתקופת הבחירות. המשמעות: לפחות בחצי שנה הקרובה הוא יישאר בתפקידו.
יצוין כי בשל התנהלותו הלקויה של יו"ר המועצה הדתית נשמעו בעבר קריאות להתפטרותו המיידית מתפקידו, דבר שטרם קרה.
