במערכת הביטחון מעריכים כי המחבל שרצח את לוחם סיירת גולני עמית בן יגאל הי"ד נמצא בידי השב"כ – כך דווח ב'וואלה'. זמן קצר לאחר הפיגוע נסגר האזור, וצה"ל בשיתוף השב"כ ביצעו מעצר של חשודים במבנה, בני אותה חמולה. בלילה שבין שלישי לרביעי בוצעו מעצרים נוספים מהכפר יעבד. הלילה בוצע גל מעצרים שלישי, וכך, נעצרו יותר מ-13 חשודים, שהועברו לחקירת שב"כ.
על פי הדיווח של אמיר בוחבוט, כמה חשודים נעצרו הלילה בכפר יעבד הסמוך לג'נין, כחלק מהמצוד אחר האחראיים להריגתו של החייל. לפי הערכות במערכת הביטחון, אחד מהעצורים הוא המחבל שהשליך את האבן על פניו של בן יגאל, ונותר רק לפצח את זהותו. עם זאת, גורמי ביטחון ציינו כי קשה להצביע על החשוד המרכזי מאחר שרוב העצורים הם בני אותה המשפחה. בשלב זה, הם מכחישים כל קשר לפיגוע.
גורמי ביטחון שמעורים בפרטי החקירה אמרו כי ההערכה היא שמי שיכול היה להימצא על גג הבית הם בני המשפחה המתגוררת במבנה בן השלוש קומות. עם זאת, מבדיקה התברר כי ניתן להגיע לאותו הגג גם מגג של מבנה סמוך, ועל כן בוצעו מעצרים נוספים. קצינים שנכחו בשטח העריכו כי מאחר והכניסה של סיירת גולני התנהלה בצורה רגלית ולא רועשת, וכן המעצרים בוצעו בצורה חלקה, ייתכן מאוד שמי ששהה על גג המבנה הם לא גורמים שארבו לכוח – אלא בני הבית, בייחוד בשל השעה המוקדמת.
בעקבות כך מתחזקות ההערכות כי המחבל הוא אחד מהעצורים שנמצאים בידי השב"כ. מאמצי החקירה מתמקדים כעת בלגרום לו להודות במעשה, או לחלופין שאחד מבני משפחתו יאשים אותו. עם זאת, גורמים במערכת הביטחון אמרו כי סיכוי קלוש עד כדי לא קיים שבני המשפחה לא ידעו מי היה על גג הבית בשעת בוקר כל כך מוקדמת. קצינים מפיקוד מרכז אמרו כי ברגע שיידעו חוקרי השב"כ להצביע על החשוד המרכזי, יתרכזו במי סייע לו להסתיר את זהותו. אז, יחל שלב איסוף הראיות להעמדתם לדין.
סוכנות הידיעות הפלסטינית דיווחה כי כוחות צה"ל עצרו הלילה ארבעה בני אדם מהכפר שבו נהרג השבוע מפגיעת אבן בן יגאל. לפי הדיווח, במסגרת הפעילות נכנסו לכפר כוחות גדולים מלווים בכלבי חיפוש. הכוחות עשו חיפושים גם בתוך כמה מהבתים בכפר. עד כה נעצרו יותר מ־27 בני אדם במסגרת המצוד אחר העומדים מאחורי התקרית.
הוא לא רוצח הוא רק זרק אבן לעבר כוחות הביטחון. ואם הוא רוצח אז בבקשה כל מי שזורק אבן ישר לכלא על נסיון לרצח
אוי אני לא יכול לחכות כבר.. שיגלו מי הוא מהר… ואז הוא יוכל להתחיל ללמוד לתואר ראשון מחדרו בבית המלון 2 סהרונים..