בראשית אוגוסט בשנה שעברה אמורה הייתה מפקדת "אלון" לעבור לאחריות משרד הבריאות. ישראל הייתה אז בשיאו של מאמץ החיסונים, ובשפל מבחינת התחלואה. אבל התפרצות זן הדלתא, ואחריה התפרצות זן האומיקרון, ביטלו את התוכניות. המפקדה נותרה בפיקוד העורף, וצפויה להישאר באחריותו לפחות עד סוף שנת 2022.
מפקדת "אלון" הוקמה בקיץ 2020, ומשימתה העיקרית הייתה לקטוע את שרשראות ההדבקה. היא גייסה והכשירה אלפי חוקרים אפידמיולוגיים, וסייעה גם בהגדלה משמעותית של מערך הבדיקות (מ-30 אלף עד לכ-175 אלף כיום), המעבדות, והבידודים.
לפי הפרסום הבוקר ב'ישראל היום', מאז הקמתה אכן עמדה המפקדה ברבים מהיעדים שלה, וניצלה את עוצמתו הלוגיסטית של צה"ל על מנת לסייע בשלל נושאים. זה עלה במחיר גבוה, אבל נדרש: מאות מיליוני שקלים כתקציב ישיר להפעלת המפקדה, וסכומי כסף גדולים נוספים לפעולות נוספות – בעיקר עבור הפעלת מלוניות הבידוד.
חלק ניכר מהתקציב הושקע באנשי מילואים שהגיעו לתקופות קצרות, או שירתו בתנאי קבע. על פי נתוני צה"ל, הושקעו עד היום במפקדת אלון כ-177 אלף ימי מילואים. עלות אחרת היא של הקמת יחידת "אלה" – מערך החוקרים האפידמיולוגיים משורות צה"ל, שהתבסס בעיקר על עתודאים ועל גורמים שונים מחיל החינוך – אולם מאחר שמדובר בעיקר בחיילים בסדיר, עלותם לא חושבה.
אולם גורמים שונים ששוחחו עם העיתון טוענים כי המפקדה "איבדה כיוון". לדבריהם, מערך החקירות האפידמיולוגיות אינו יעיל כלל בהיקף של יותר מ-2,000 מאומתים ביום, ובוודאי שלא בנתונים הנוכחיים של זן האומיקרון. גם האפליקציה שפותחה כדי לתת מענה דיגיטלי שיחליף את החקירות הוכחה כיעילה באופן חלקי בלבד: במפקדת "אלון" מודים כי פחות מ-60 אחוזים מהציבור משתפים עימה פעולה. הגורמים גם הצביעו על "פרוטקציה שקטה", כהגדרתם, שמתבצעת באיוש תקני המילואים, בשיטת "חבר מביא חבר".
ביקורת נמתחה גם על דרגות הקבע שניתנו לבכירים ביחידה, ובראשם למפקדה הנוכחי, תא"ל שלומי בן-מוחה, לאחר שקודמו ביצע את התפקיד במסגרת שירות המילואים וכיהן כתא"ל רק בדרגת ייצוג. אחד הגורמים אמר כי: "מפקדת 'אלון' הפכה להיות סותם החורים הלאומי. זה אמנם צה"ל במיטבו, אבל זה לא תפקידה. מקומה במשרד הבריאות, כפי שהבינו כולם כבר מזמן. העובדה שזה לא קורה גורמת לכפילויות, מייקרת תהליכים, ומסיטה את הקשב של צה"ל".
במערכת הביטחון מסכימים שמקומה הטבעי של המפקדה הוא במשרד הבריאות, כפי שגם סיכמו שר הביטחון גנץ, הרמטכ"ל כוכבי ומנכ"ל משרד הביטחון. גורם בכיר אומר כי: "זה לא קורה כי למשרד הבריאות אין שום מסוגלות אופרטיבית לכלום. רק בשבוע שעבר היה צריך לחלק מיליוני ערכות של בדיקות אנטיגן ביתי ב-256 רשויות מקומיות. אם היו משאירים את זה למשרד הבריאות, הבדיקות האלה היו נשארות אצלם במחסנים גם בעוד שנה".
