שנים רבות הפנו הפלסטינים אצבע מאשימה כלפי ישראל, אך כעת החליט אבו מאזן, משיקולים פנימיים ועל רקע המחלוקת בתנועת הפת"ח, להעביר את האשמה על מותו של יאסר עראפת על יריבו הגדול, מוחמד דחלאן.
לפי מסמך פנימי של ועדת החקירה המיוחדת, דחלאן מואשם כי במהלך אשפוזו של יאסר ערפאת בפריז הוא הכניס אליו תרופות מורעלות באמצעות משלחת זרה. לפי הדו"ח, מלווים במשלחתו הודו בכך.
דחלאן גם מואשם בניסיון לגייס קצינים ומפקדים ממוסד הנשיאות כדי להכניס חפרפרות לקראת הפיכה צבאית בגדה המערבית. בנוסף, יו"ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן מאשים את דחלאן כי הוא אחראי לנפילת עזה בידי ארגון חמאס.
כזכור, לקראת סוף אוקטובר 2004 התדרדר מאוד מצבו הבריאותי של ערפאת. ב־29 באוקטובר 2004 הותר לו לצאת לפריז לשם קבלת טיפול רפואי, ומאז הוטל ערפול על מצבו הבריאותי. ההודעה הרשמית על מותו נמסרה ב־11 בנובמבר 2004 לפנות בוקר.
גם כחלוף חודשים ארוכים ממותו של ערפאת, לא הובררו סיבות מותו. דו"ח הרופאים הצרפתים הודלף ופורסם בעיתונות בספטמבר 2005, אך עדיין לא היה בו לפתור את התעלומה. הועלו השערות לפיהם ערפאת מת מזיהום, מהרעלה או ממחלה אחרת.
בשנת 2007 טען אורי אבנרי שאורי דן שאל את שרון אם ערפאת מת באופן טבעי, ושרון השיב ש"עדיף לא לדבר על זה". לדבריו, אורי דן הבין זאת כאישור. בעיתון 'הארץ' פורסם כשבועיים אחר כך שישראל לא חיסלה את ערפאת עקב הבטחה לנשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש. ראש המוסד דני יתום אמר שאין שום בסיס ולו הקלוש ביותר להאשמה שישראל אשמה במות ערפאת.
בנובמבר 2012 הוצאו עצמותיו של ערפאת מקברו על מנת לבדוק את סיבת מותו, ובפרט את הטענה הפלסטינית שערפאת הורעל על ידי ישראל. בנובמבר 2013 פורסם הדוח ועל פיו נמצאה כמות גבוהה של פולוניום 210 בשרידיו. לעומת זאת, דו"ח שפרסם צוות חוקרים צרפתיים מצא שערפאת מת בנסיבות טבעיות, וכך קבע גם צוות של מומחים רוסיים.
