רבה הראשי של ירושלים הראשון לציון מרן הגאון רבי שלמה משה עמאר שליטא הספיד הערב במכתב מיוחד את מרן הגאון רבי שמואל אויערבך זצוק"ל "גדול כים שברך מי ירפא לך. לשמועה כי באה ורפו כל ידים. אוי לנו כי השברנו שבר על שבר, שבעוונותינו כמה מגדולי ומנהיגי הדור נסתלקו מאתנו נסעו המה למנוחות, ועזבו אותנו לאנחות, והעולם שמם ה' ירחם".
עוד כותב רבה של ירושלים "הגאון האמיתי שכל התורה הייתה מונחת בכיסו, והייתה שגורה בפיו הנגלה והנסתר, חסיד קדוש כקש"ת רבנו שמואל אויירבאך זללה"ה, שהיינו מתנחמים בו ובהנהגתו את העם, שהיה כעמוד האש שהלך לפני המחנה להאיר דרכם ולנחותם הדרך. שכל עיניו ורעיוניו היו נתונים רק לתורת ה' ולעם ה', ולא היתה לו שום הנאה מהנאות העולם, כולו נתן לקדושה האמיתית, ועתה לי-ה ולי-ה עינינו נשואות ותלויות כעיני שפחה ליד גבירתה, כעיני עבדים אל יד אדוניהם, עס שיחוננו, ויקרב קץ משיחיה בשובה ובנחת בבי"א".
"בצער ובדמע ובתקווה לישועת ה" חותם הרב הראשי לירושלים בשמו "ש.מ. עמאר"
הרב הראשי לישראל הראשון לציון מרן הגאון רבי יצחק יוסף התייחס בפתח שיעורו השבועי הערב לפטירת מרן הגאון רבי שמואל אויערבך זצ"ל ואמר כי איבדנו את הרב שהיה גאון עצום.
הרב הראשי סיפר על הקשר בין רבי שמואל לאביו, מרן פוסק הדור הרב עובדיה יוסף זצוק"ל. "לפני עשר שנים הבאתי לו את הספרים 'עין יצחק', אז הוא פתח וראה שיש שם 'ספק דאורייתא לחומרא' שיש שם 100 'נפקא מינות'. פתח את הספר והתחיל לספר שלפני 68 שנה, הוא למד אצל מרן (הרב עובדיה זצוק"ל) בשכונת מקור חיים, בישיבה של הרב שלום שבדרון, מרן היה שם רב, למדו שם חכם משה צדקה והרב צבי סימן טוב. הרב היה קורא איתם יחד את הגמרא".
"הוא סיפר לי, כשהיה הולך לשיעורים של הרב, הוא זוכר את השיעור של מרן שדיבר על ספק דאורייתא, התחיל לצטט לי את כל מה שמרן אמר בשיעור, היה פלא פלאים, ציטט את כל מה שהרב אמר בשיעור". המשיך הרב הראשי לספר "הוא זכה, הוא הספיד את מרן, בהלוויה של מרן, הוא היה ראשון המספידים"
עוד סיפר הרשל"צ כי "כשהוא בא לנחם את מרן על פטירתו של אחי הגאון רבי יעקב זצ"ל, ישבו ודיברו שעה ארוכה, ענייני השקפה. איבדנו אותו, היה תלמיד חכם גדול שקוע בלימוד, גאון עצום".
