מאות מתפרעים החלו מעט לפני השעה 12 בצהריים ביידוי מסיבי של כיסאות ואבנים לעבר כוחות המשטרה. בעקבות כך, החלה המשטרה לפזר את המתפרעים ונעשה שימוש באמצעים לפיזור הפגנות והמתפרעים נהדפו מהמקום. בסרטון שפרסמה המשטרה ניתן לראות כי השוטרים השתמשו בכדורי ספוג נגד המתפללים המוסלמים שהפרו את הסדר במתחם.
מוקדם יותר היום, זמן קצר בלבד לפני תחילת אירועי יום ירושלים, מהומה והתפרעות באתר הקדוש. מהמשטרה נמסר כי מאות המתפרעים יידו אבנים, השליכו כסאות וחפצים שונים לעבר המתפללים, לאחר שהותר למתפללים יהודים לעלות למקום – ומספר חשודים נעצרו. המתפללים נכנסו באופן תקדימי, אחרי חודש הרמדאן ולמרות התלבטות המשטרה לאחר הפיגוע בשישי.
מפקד מחוז ירושלים, ניצב דורון ידיד, הורה לכוחות המשטרה להיכנס להר ולטפל במתפרעים, שכמה מהם נעצרו. במשטרה אמרו כי "המתפרעים נהדפו לעבר המסגד והתבצרו במקום כוחות המשטרה פרצו לתוך המסגד תוך שהפורעים מיידים לעברם כיסאות וחפצים שונים. השוטרים פיזרו את המתפרעים ובהמשך עצרו מספר חשודים שהמשיכו להתפרע ולעורר פרובוקציות נוספות נעצרו וביניהם תושב שטחים ותושב זר".
היום התירה המשטרה באופן תקדימי ליהודים לעלות להר הבית, (בניגוד להלכה והוראת הרבנות הראשית) בעשרת הימים האחרונים של חודש הרמדאן. עוד לפני שנכנסו, החלו במתחם ההר התפרעויות של מתפללים מוסלמים שמחו נגד כניסת יהודים. מקורות פלסטיניים דיווחו כי המשטרה עצרה חמישה מתפללים מוסלמים בהר הבית.
משרד החוץ הירדני גינה את מה שהוא מכנה "ההפרות הישראליות נגד המתפללים במסגד אל-אקצא". בהודעה הזהירה ירדן את ישראל מפעילות פרובוקטיביות שעלולות להוביל להסלמה: "סיבוב נוסף של אלימות יאיים על הביטחון באזור כולו". בסיום ההודעה נכתב: "אנו קוראים לצד הישראלי להפסיק את הפעולות הפרובוקטיביות וההתנהגות הבלתי אחראית".
בארגון הטרור חמאס התייחסו הבוקר להתפרעויות ומסרו הודעת גינוי לאחר כניסת המשטרה למתחם: "תקיפת המתפללים בהר הבית על ידי כוחות ישראלים מהווה הסלמה והפרת קדושת המקום. יהיו לה השלכות. הקהילה הבינלאומית ניצבת בפני מבחן אל מול הסלמה זאת", כך אמר בכיר ארגון הטרור, סאמי אבו זוהרי.
