מחמוד עלי אל-קוואסמה, פעיל חמאס מוכר וממשוחררי עסקת שליט שגורשו לרצועת עזה, סייע לפי ההערכות במימון ובתכנון של החטיפה והרצח של שלושת הנערים גיל-עד שער, איל יפרח ונפתלי פרנקל בגוש עציון ביוני האחרון – כך מסרו גורמי ביטחון פלסטיניים לוואלה! חדשות. מחמוד הוא אחיו של חוסאם אל-קוואסמה, שנעצר לאחרונה והודה בחקירתו כי פיקד על החטיפה.
מחמוד אל-קוואסמה התגורר בעבר בחברון יחד עם אחיו, ובקרבה למרוואן אל-קוואסמה ועאמר אבו עיישה – החשודים שביצעו בפועל את החטיפה והרצח. לאחר ששוחרר במסגרת עסקת שליט, הוא גורש לעזה, ומשם המשיך על פי ההערכה לפעול יחד עם פעילים של הזרוע הצבאית של חמאס בניסיון להוציא לפועל פיגועים בגדה. בין היתר, היה אל-קוואסמה בקשר עם פעילים בחברון, וגם בערים אחרות בגדה כמו טול כרם.
את פיגוע החטיפה יזם ותכנן, להערכת הגורמים הפלסטינים, יחד עם אחיו חוסאם אך בידיעת בכירים בזרוע הצבאית בעזה ובחו"ל, שהעבירו לו גם כספים כדי לממן את הפיגוע – בין היתר לצורך השגת מכוניות עם מספרי רישוי ישראליים, אמצעי לחימה ובתי מסתור שהוכנו מראש. עוד אומרים הגורמים כי שלושת הנערם נקברו בחלקת האדמה השייכת למשפחתם של מחמוד וחוסאם אל-קוואסמה, שנרכשה זמן לא רב לפני הפיגוע. הגורמים הוסיפו כי חוסאם תכנן להימלט מאזור ירושלים לירדן באמצעות דרכון מזויף. טרם ברור מה עלה בגורלם של שני החוטפים עצמם.
עם זאת, בצד הישראלי עדיין לא ממהרים להאשים את צמרת חמאס בחטיפה וברצח. לטענת ישראל הייתה הנחייה כללית לחטוף ישראלים, והיה סיוע במימון הפעולה, אך אין הוכחות לכך שניתנה הוראה מפורשת מלמעלה לחטוף את הנערים.
כשבועיים וחצי לאחר שנחטפו, ב-30 ביוני, אותרו בחלחול שמצפון לחברון גופותיהם של שלושת הנערים. בסריקות של לוחמים מיחידת מגלן ומחטיבת כפיר יחד עם אזרחים אותרו סימנים בקרקע, ואלה הצביעו על אפשרות של בור או של חפירה תת-קרקעית. כמה ימים לפני כן נמצאו זוג משקפיים של אחד הנערים סמוך לזירה, ואלה סייעו לאתר את הגופות.
