הגאון רבי מרדכי טולידנו נעתר לבקשת רבים והגיש את מועמדתו לרבנות ירושלים, והציג את מועמדתו בתמיכה רחבה של אדמורי"ם, חברי מועצת חכמי התורה של ש"ס, חברי מועצות גדולי התורה של אגודת ישראל ודגל התורה, חברי בית הדין הגדול, ראשי ישיבות, רבנים ראשיים וגדולי תורה מכל החוגים והעדות, שחתמו והביעו תמיכה במועמדותו,
הגר"מ טולידאנו ידוע ומוכר בכל שכבות הציבור אודות לפעולתו הענפה בשיעורים ודרשות לפני קהל רבבות בכל רחבי הארץ, בין בקרב הציבור הרחב, ובין בקרב לומדי הישיבות, חיילים, בני נוער וילדים, כשההמונים
רתוקים למוצא פיו, ודבריו משאירים עליהם את חותמם. כן הרביץ תורה בהקמת בתי מדרש מפורסמים להוראה ודיינות "יביע אומר" בירושלים, חיפה וטירת הכרמל, בהם הוכשרו דיינים, מורי הוראה ורמי"ם חשובים, המכהנים פאר ברחבי הארץ.
זכה ללמוד אצל גדולי תלמידי מרן ה"חזון איש" זיע"א, בלומדו בצעירותו בישיבת "תפארת ציון" בעיר התורה בני ברק אצל איש סודו של החזון איש, הגאון רבי שרגא פייבל שטיינברג זצ"ל, ראש הישיבה הגאון רבי יעקב שניידמן זצ"ל, הגאון רבי משה דויטש זצ"ל, הגאון רבי שמעון משה דסקין זצ"ל (בעל "משאת המלך") ועוד גדולי עולם. ואח"כ למד בישיבת "שארית יוסף" בראשות בן דודו הגאון רבי נסים טולידאנו זצ"ל, ובישיבת "עטרת ישראל" קיבל רבות ממרן המשגיח הגאון רבי מאיר חדש זצ"ל וממרן ראש הישיבה הגרב"מ אזרחי שליט"א
הגר"מ ישב במשך חצי יובל שנים עם גדולי הדיינים בבתי הדין החשובים בערים הגדולות, בחיפה עם רבני העיר הראש"ל הגאון רבי אליהו בקשי דורון שליט"א, הגאון רבי שאר ישוב הכהן שליט"א, הגאון רבי שלמה שלוש שליט"א והגאון רבי אברהם אטלס זצ"ל. בתל אביב עם המומחה הנודע לגיטין הגאון רבי מנחם ציוני זצ"ל והראב"ד הגאון רבי נסים בן שמעון שליט"א. ובעיה"ק ירושלים עם כ"ק האדמו"ר מסאווראן הגרי"ד הגר זצ"ל, ועם עוד דיינים חשובים.
חבר ביה"ד הגדול הגאון רבי חגי נפתלי איזירר שליט"א כתב בקול הקורא המתפרסם מגדולי ישראל: מהיכרות עמוקה בעבודה משותפת בבתי הדין מזה שנות דור, אני רואה בגאון הרב מ. טולידאנו שליט"א את המועמד המעולה ביותר להיות רב ראשי לירושלים ת"ו ולראב"ד ירושלים".
ראש מוסדות "אור החיים" הגאון רבי ראובן אלבז שליט"א כתב: שמח לבי לשמוע שכבוד הגאון חתנא דבי נשיאה מרן גאון עוזינו -ותפארתינו רבינו עובדיה יוסף זיע"א, הגאון הגדול כמוהר"ר רבי מרדכי טולידאנו שליט"א חבר ביה"ד ירושלים עיה"ק, שמגיש מועמדותו לרבה של ירושלים תו"ב. ואשרינו שבעיה"ת נזכה לכתר תורה, המשכיות של הגאון סבא דמשפטים ראב"ד מקודש רבינו שלום משאש זצ"ל, שהרב שליט"א שאר בשרו. אישיות בכירה שיכולה לגשר בין כל הפלגים גווני אוכלוסיה של ירושלים עיה"ק. ויה"ר שחפץ ה' בידו יצלח להגדיל תורה ולהרבות אהבה אחוה שלום ורעות".
רבה של חיפה הגאון רבי שאר ישוב הכהן שליט"א כותב בהמלצתו עליו לכהן כחבר בביה"ד הגדול: הכרתי את גדלותו בתורה, את גישתו השיפוטית והמעשית בתקופת כהונתי כראב"ד חיפה, הוא ישב עמי "בבית הדין המיוחד" שלנו, אליו הובאו בעיות מיוחדות מבחינה אישית והלכתית, שהטיפול דורש מיומנות מיוחדת. תמיד התפעלתי מהבנתו וגישתו המעשית שהביאה לפתרון בעיות שנמשכו בהרכבים אחרים במשך זמן רב".
חבר בית הדין הגדול הגאון רבי נחום שיינין שליט"א כתב: "וללא כל ספק גודל תפארת ביה"ד הגדול שישוב להיות כבתחילה יהיה כאשר יכהן פאר בביה"ד הגדול, ואזי משם תצא ההוראה". הגאון רבי אשר ווייס שליט"א כתב: "יש לעשות הכל כדי שימונה לביה"ד הגדול, לתפארת מערכת בתי הדין, כי אין ראוי ממנו לתפקיד רם זה". וכך בא בשבחו גם ראש ישיבת מרכז הרב, הגאון רבי יעקב שפירא שליט"א.
במשך השנים הוציא לאור ספרים חשובים ונכבדים הידועים בקרב לומדי התורה ומשפטנים כנכסי צאן ברזל, כתביו וספריו "מעשה בית דין"- פסקי דין מנומקים שעלו על שולחנו בבית הדין, התפרסמו מאד אודות לבהירותם, היקפם ומקוריותם. כן מצויים בו עשרות פסקים יחודיים ונדירים שקיבל מחמיו הגדול מרן הגר"ע יוסף זצ"ל, בשאלות הרות גורל וכבדות משקל שנידונו בין כותלי בתי הדין, ופסקים שהסכים עליהם מרן זצ"ל. גם בספריו "מטל השמים" ד' חלקים, שעורי הלכה והגות לפי סדר פרשיות התורה, משולבים בחידודים ופרפראות העולים על שולחן מלכים, ניכרת גאונותו וחשיבתו הייחודית לפתרונות מעשיים לבעיות העומדות על הפרק. וכפי שכתב עליו מרן זיע"א "כי טל אורות טלך", "בני אם חכם לבך ישמח לבי גם אני".
בהסכמות לספרים ניתן לראות את הקרבה והאהבה לה זכה ממרן זצ"ל, כאשר הוא מתבטא עליו בין היתר בתואר "ראב"ד מקודש בעיר עוז לנו ירושלים תובב"א". כן כותב עליו "ובכמה מפסקיו בהם נועץ עמי, ראיתיו שמצטער בצערן של נדכאים ונחית בכח גדול בכוחא דהיתרא, לא ייחת ולא יירא, עימו עוז ותושיה ומוציא משפטן לאורה, צינה וסוחרה אמיתו, אשרי יולדתו, תרב גדולתו. כזה ראה וקדש!". מרן המשגיח הגאון רבי מאיר חדש זצ"ל במכתב נלהב צופה "כי עדיו להיות לאור מאיר בתורתו ויראתו לרבים". כן ישנם הסכמות מגדולי הדור מרן הגר"ש כהן שליט"א, מרן הגרב"מ אזרחי שליט"א, חברי ביה"ד הגדול הגאון רבי שלמה בן שמעון שליט"אוהגאון רבי חיים גדליהו צימבליסט שליט"א, כ"ק האדמו"ר מאונגוואר זצ"ל (בעל "משנה הלכות"), הגאון רבי נסים טולידאנו זצ"ל, ועוד ועוד גדולים, שכולם עומדים משתאים על גדלותו וגאונותו.
כן זכה הגר"מ טולידאנו לקרבתו של שאר בשרו רבה של ירושלים הגאון רבי שלום משאש זצ"ל, והיה חביב עליו עד מאוד, וזכה גם שיצטרף עימו בכבוד גדול לפסקים בעניינים העומדים ברומו של עולם, ונדפסו בשו"ת שמש ומגן ובספר מעשה בית דין.
הגר"מ טולידאנו גדל על ברכי דוד זקנו ראב"ד מקנס (מרוקו) הגאון רבי רפאל ברוך טולידאנו זצ"ל, וזכה ממנו לקרבה נדירה. אביו הרה"צ רבי יצחק טולידאנו זצ"ל בספרו "מקנס ירושלים דמרוקו" הדפיס מכתב נדיר מהגאון רבי רפאל ברוך טולידאנו המעיד על הגר"מ טולידאנו עוד בקטנותו "כי הוא ממולח ומופלא במידות טובות, גם מתמיד בלימודו ויש לו מח טוב, ואם ימשיך בתורה יהיה גדול בישראל ותלמיד חכם".
הגר"מ נסמך להוראה בשנת תשמ"א ע"י חמיו הגדול מרן הגר"ע יוסף זצ"ל, רבני עיה"ק ירושלים הגאון רבי שלום משאש והגאון רביבצלאל ז'ולטי, רבותיו הגאון הגדול רבי ברוך מרדכי אזרחי והגאון הגדול רבי זלמן נחמיה גולדברג שליט"א ועוד גדולי הדור.
