בעקבות החשאיות הביטחונות במעצרו של גונן שגב שחשוד בריגול לטובת איראן היו צריכים בשב"כ להשתמש בדרכים יצירתיות בכדי להביא אותו להארכת מעצרו בבית המשפט.
הדיונים בבית המשפט נערכו ללא פרוטוקול שלוש פעמים, והחוקרים שהיו שותפי סוד הצליחו לשמור על סודיות המבצע להסתרת מעצרו של שגב בישראל. בית המשפט שנקבע לדיונים היה השלום בראשון לציון, והוחלט כי מי שתדון בסודיות מוחלטת בהארכות המעצר היא נשיאת בית המשפט עינת רון.
הדיונים נקבעו לשעות הערב והלילה כאשר התנועה בבית המשפט מועטת. קודם לכן דאגו אנשי כוחות הביטחון לתאם עם בכירים בהנהלת בתי המשפט את כיבוי מצלמות האבטחה, מחשש שמישהו יבחין בכך ובמסתורין של הבאת עצור עלום.
בנוסף, על מנת שלא יזוהה בטעות כשהוא מובא לדיון בבית המשפט, שגב הובא לכל דיון "מחופש" כשעל ראשו כובע ומשקפיים מחשש כי העובדה שהוא אדם מוכר תביא לזיהויו.
במערכת הביטחון לא סמכו על אף אחד וביקשו שהדיון יהיה רק מול השופטת וללא קלדנית מטעם הנהלת בתי המשפט. יתרה מכך, לדיונים עצמם, שבהם הופיעו עורכי הדין מזור וזהר, הביאו כוחות הביטחון מחשב נייד משלהם שבו הם הקלידו את הפרוטוקול.
כששגב נחת לפני כחודש, הוחלט כלקח מפרשת האסיר X בן זיגייר לשכנו במתקן כליאה של השב"כ, כשאנשי הארגון בעצמם שומרים עליו. על דלת תאו לא היה שם, אבל השומרים ידעו מי הוא. שגב קיבל רשימה של עורכי דין בעלי סיווג ביטחוני גבוה על מנת שיבחר מתוכה והוא בחר את משה מזור ואלי זהר שייצגו אותו. בתשעת הימים הראשונים למעצרו לא הורשה שגב להיפגש עם עורכי דינו, אפילו לא בדיון הראשון שהתקיים בעניינו בבית המשפט.
בינתיים בחיזבללה חוגגים את הניצחון על ישראל, "הלם בישראל, הישג מודיעיני איראני חסר תקדים", נכתב בעיתון הלבנוני אל-אחבאר המזוהה עם ארגון הטרור הלבנוני שהינה זרועו הארוכה של איראן. "שמחתו של ראש ממשלת האויב הישראלי בנימין נתניהו בהצגה הכושלת של הצלחת המוסד בגניבת הארכיון הגרעיני של איראן, שאותה ניצל לטובת משנתו המדינית נגד איראן, לא הושלמה".
עוד נכתב כי "הזירה הישראלית רעדה כשנחשף כי איראן הצליחה לרשום הישג מודעיני חסר תקדים נגד ישראל בכך שגייסה את שר האנרגיה והתשתיות לשעבר גונן שגב לטובת המודיעין שלה. איראן לא פרסמה את המידע בכדי שלא יוטל ספק באמינותו בדומה לחשיפת נתניהו. הדבר נודע כאשר השב"כ אישר את פרסומו".
העיתון כתב כי "גונן שגב תרם לאיראן מידע מגוון שישרת אותה במאבק ציר ההתנגדות נגד הישות הישראלית. נראה מגודל הסיקור התקשורתי בישראל כי אירוע בטחוני זה משקף את גודל ההלם שמהדד בכל רחבי ישראל ובמיוחד בממסד המדיני והצבאי".
דובר ממשלת איראן, מוחמד באגר נובאכט, אמר על פרשת הריגול כי "ישראל משתמשת בכל כלי אפשרי כדי לנגח את איראן ואני מציע להתעלם ולזלזל במה שפורסם בישראל".
בתוך כך, במשרד החוץ דחו היום את הדיווחים כי שגב היה הרופא האמון של השגרירות הישראלית בניגריה. עם זאת, גורמים במשרד החוץ אומרים כי הוא טיפל באופן עצמאי בישראלים ובדיפלומטים שהגיעו אליו.
ח"כ אייכלר: "אותו גונן שגב הגיע לכנסת בספינה שהסמל שלה היה צו גיוס לחרדים" • צפו
'השר המרגל': כחלק מהריגול נפגש שגב עם בכירי מערכת הביטחון לשעבר
השר המרגל: בגד במצביעים ותמך ב'אוסלו', חיזבאללה תכנן לחטוף אותו
הבנתי שהוא נשלח לפעילות הזו ע"י הבג"צ
בוגד נאלח שריגל נגד מדינה בוגדת ונאלחת (בעמה ובבוראה).