משרד המודיעין ממליץ להקים את נמל התעופה הבא של ישראל בנבטים. זאת בניגוד לעמדת משרד הביטחון, שקורא לעשות זאת ברמת דוד. במחקר נאמר כי "בהתחשב בכלל הפרמטרים שצוינו לעיל, אנו ממליצים על תוכנית מדורגת: בשלב זה (2020) הבחירה (המועדפת) באפשרות של בניית נמל תעופה אחד בקיבולת של עד כדי 20 מיליון נוסעים בנבטים". עם זאת, ההמלצה היא כי בשנת 2030 ייבחן הנושא מחדש, ואז תתקבל ההחלטה הסופית לטווח הארוך מאוד, אם להקים את הנמל הבא בנבטים או ברמת דוד.
הדו"ח נכתב על ידי קציני אמ"ן לשעבר, המתמחים בניתוח סוגיות בין־תחומיות. המלצתם מצטרפת לגישת שרת התחבורה, מירי רגב, ומנוגדת לעמדה ארוכת השנים של מערכת הביטחון, הדורשת להקים את נמל התעופה הבא ברמת דוד. במשרד הביטחון מתריעים כי הקמת השדה בנבטים שבדרום תפגע באינטרסים ביטחוניים משמעותיים, ובין השאר תצמצם את מרחבי האימונים של חיל האוויר בדרום ותשבש את עבודת הבסיס, שבו שוכנות, בין השאר, טייסות קרב.
בדו"ח משרד המודיעין מציינים הכותבים כי מערכת הביטחון סירבה למסור את המידע שברשותה, ועל כן הנחת העבודה של הדו"ח היא כי "יהיה אפשר לספק פתרונות לבעיות שהציגה מערכת הביטחון". עוד מדגישים חוקרי המשרד כי לאור השיקולים הרבים לכאן או לכאן והמשתנים הרבים הכלולים בסוגיה סבוכה זו, קשה להגיע למסקנה חד־משמעית. "עריכת ההשוואה בין היתרונות לחסרונות של שתי החלופות מורכבת בשל ריבוי תבחינים, היעדר הסכמה בין המומחים ביחס לממצאי הבחינה ונגישות מוגבלת לכלל החומרים".
תחת ההסתייגויות הללו, מסקנתם היא כי כרגע יש להכין את חלופת נבטים. השיקולים המובילים לעמדה זו היא היעדר היכולת של נמל עתידי ברמת דוד לקלוט מטוסים רחבי גוף ולהפוך למרכז מעבר בינלאומי (HUB) – אפשרות ההופכת למציאותית לאור הסכמי השלום האחרונים. כמו כן, הנזק העקיף והפגיעה באוכלוסייה האזרחית באזור נבטים יהיו קטנים יותר.
שיקול נוסף הוא האפשרות העתידית להרחיב את הנמל בנבטים אל מעבר לקיבולת הראשונית של 20 מיליון איש בשנה – דבר שלא ייתכן בכל מקרה ברמת דוד. לדברי שר המודיעין, אלי כהן: "בתוך שנים בודדות יגיע נתב"ג לקצה גבול היכולת שלו. כשההסכמים בין ישראל למדינות המפרץ ולאפריקה פותחים בפנינו אפשרויות חדשות, יש צורך בהקמת נמל תעופה שיאפשר לבצע בו הרחבות ושינויים בעתיד – והשדה בנבטים עומד בקריטריונים האלה".
