שלוש שנים לאחר שנחנכה, ולמעלה משבעה מיליון נוסעים שעברו בה, נערכת בימים אלה רכבת ישראל לפרויקט שדרוג התחנה הכולל הקמת כניסה מזרחית חדשה לתחנה, ופרסמה בימי האחרונים מכרז להקמתה.
הכניסה החדשה, שעלות הקמתה נאמדת בכ-20 מיליון שקלים, תשרת את נוסעי הרכבת המגיעים לצידה המזרחי של התחנה מכיוון שדרות שז"ר והחניון הנבנה מתחתיהן, ללא צורך במעבר לכניסה הקיימת כיום בצידה הדרומי של התחנה, ותשולב במסגרת המהפך התשתיתי המבוצע במסגרת פרויקט "כניסה לעיר" במסגרתו משודרגים צירי התנועה הסמוכים לתחנה, ומוקמים חניונים רבים ובהם חניון שז"ר רחב ההיקף.
מבנה מבואת הכניסה יכלול שלושה מפלסים כאשר התחתון ביותר יהיה בקומת השירות לנוסע ויהווה כניסה נוספת לתחנה עם עמדת בידוק, המפלס השני בקומת הכניסה יהווה יציאה נוספת מהתחנה לכיוון מזרח באמצעות קרוסלות נגישות המתאימות גם לכיסאות גלגלים ועגלות. וקומתה השלישית של המבואה תמוקם במפלס הרחוב והיא תכלול מבנה זכוכית בעל חדר מדרגות וארבע מעליות, הנותנות מענה לנגישות ומקשרות את התחנה עם הרחוב ועם החניון התת קרקעי שז"ר.
כמו כן ישפר פרויקט המבואה המזרחית את זרימת הנוסעים בתחנה, אשר צפויה לגדול משמעותית בעשור הקרוב לכ-13 מיליון נסיעות בשנה בזכות חיבורה לקווי רכבת חדשים המוקמים כיום: קשת מודיעין שתאפשר נסיעה ישירה ומהירה ממודיעין למרכז ירושלים, ומסילת 431 שתחבר בין ירושלים ליישובי השפלה ומישור החוף הדרומי.
