מפעל כולל טהרות היה מפעל חייו ומשוש נפשו של מרן הגרמ"י זצ"ל בחיי חיותו עד כי בצוואתו הורה לבל יקראו על שמו דבר מלבד מכולל טהרות.
בחיי חיותו חתם הגרמי"ל זצ"ל מספר פעמים שטר שותפות עם מחזיקי תורה נכבדים אשר בחוכמתם נענו לבקשתו של הגרמי"ל והסכימו לבא בשותפות על מנת להחזיק ולתמוך במפעלו האדיר של הגרמי"ל ביסוד כולל טהרות. בשטר שותפות זה כותב מרן הגרמי"ל דברים מבהילים עד למאד כגון "ובכך שנטה שכמו הרי קנה חלקו שוה בשוה בזה ובבא וחלק כחלק יחדיו יאכל עמו לעולם הבא".
הכוללים ללימוד סדר טהרות בעיון נוסדו לפני ח"י שנים ע"י מרן הגרמ"י זצ"ל בראותו שסדר טהרות כמעט אינו נלמד ואינו ידוע בקרב לומדי התורה שבדורינו ובדורות הקודמים. מרן הגרמ"י יסד באותה עת כולל מיוחד ללימוד סדר טהרות, כולל שברבות השנים צמח וגדל ופרש את כנפיו בכל רחבי הארץ עד כי היום יושבים במסגרתו למעלה מחמש מאות תלמידי חכמים מובהקים בח"י כוללים בכל רחבי הארץ, הלומדים סדר טהרות בעיון.
עוד בנושא: לקראת כינוס הזכרון של כולל טהרות לעת מלאות חמש שנים להסתלקות מרן הגרמ"י ליפקוביץ זצ"ל