שופטי בג"ץ קבעו כי ראש הממשלה בנימין נתניהו לא יכול לתת הוראה לעצור את העבודות לאחר שניתן להן היתר עבודה בשבת. בכך קיבלו את עתירתה של יושבת ראש מרצ, ח"כ זהבה גלאון.
ביסוד העתירה, הוראה שניתנה על ידי ראש הממשלה ביום שישי, 2.9.2016, סמוך לפני כניסת השבת האחרונה, המורה לרכבת ישראל להפסיק את כל עבודות התשתית והתחזוקה המתוכננות לסוף השבוע.
בג"צ התבקש לקבוע כי הוראה זו של רה"מ נתניהו ניתנה בחוסר סמכות ועל כן היא בטלה ומבוטלת. וכן התבקש ליתן צו ביניים המורה לרכבת ישראל "שלא להידרש לכל הוראה בנוגע לעבודות התשתית והתחזוקה של הרכבת אשר ניתנו לה על ידי ראש הממשלה וזאת עד להכרעה סופית בעתירה".
בג"צ פסק בעתירה כי נכון להיום הוראת ראש הממשלה לעצירת העבודות בטלה, עד לדיון או החלטה אחרת בבג"צ בנושא עבודות הרכבת.
יו״ר מרצ, זהבה גלאון, אמרה על צו ביניים שהוציא בית המשפט: ״מדובר בניצחון אדיר. בג״צ לא קיבל את הטענה עזת המצח של הפרקליטות שמדובר ב״נושא תיאורטי״, והוא מבקש לזמן דיון בהרכב בהקדם, כדי לקבל הסברים לגבי התנהגותו הבלתי חוקית בעליל של ראש הממשלה. בית המשפט בצו ביניים קיבל את עמדתי שהוצגה לו באמצעות עוה"ד דפנה הולץ-לכנר במלואה עוד לפני קיום דיון בעתירה ונתן את צו הביניים שביקשתי".
