בקיבוצים רבים, מבקשים חלק מהחברים להקים בתי כנסת. לעיתים דרישתם נענית, אך לפעמים דוחים את הדרישה. למשל, במועצה האזורית הגליל העליון יש 29 קיבוצים, אך רק בשבעה מתוכם פועל בית כנסת. ראש המועצה, גיורא זלץ, הסביר כי כל קיבוץ מחליט על הנושא בעצמו, בדרך כלל בהצבעת חברים.
ד"ר זאביק גרינברג, מומחה לשינויים בישובים הכפריים מהמכללה האקדמית תל־חי, חקר את הנושא. "בית הכנסת הפך לסמל של מאבק עמוק. כניסת אוכלוסייה חדשה מלווה בחששות שאופיו של המקום, דרכי החיים ואורחות החיים בו, ישתנו. אחד מהמרואיינים במחקר אמר ש'החשש שלי זה לא בית הכנסת, אלא הדבר הבא שהם יבקשו, שנקים פה מקווה, שנסגור כביש ראשי, שלא ניסע בשבת'".
בעיתון ידיעות אחרונות, הביאו הבוקר מספר דוגמאות מקיבוצים שונים. בקיבוץ שדה נחמיה הוחלט להקים בית כנסת. "החשש היה משינוי האווירה בקיבוץ", סיפר מנהל הקהילה דני טל. "התקיימו דיונים והיה רוב מוחלט להקמת בית כנסת, שייחנך בקרוב מאד, הודות לגיוס תרומות בארץ ובחו"ל".
גם בקיבוץ כפר בלום הוקם בית כנסת. חבר הקיבוץ, מאיר דהדי, סיפר לכתב העיתון כי יש כ־15 מתפללים קבועים והוסיף: "בית הכנסת נותן מענה לכל מי שמבקש. צריך לעשות הכל בצנעה, לא להפריע זה לזה, ואז הכול עובר בשלום. אין אצלנו הדרת נשים, כולם יחד, גם בחגיגות הבר מצווה".
בקיבוץ שמיר, לעומת זאת, אין בית כנסת. מסיבה זו נאלץ אחד התושבים החדשים בקיבוץ, אריה אקרמן למכור את ביתו ולעבור לקריית־שמונה לאחר שחזר בתשובה. "רציתי להתפלל יחד עם עוד כמה חברים רק ביום כיפור, אבל הקיבוץ נעמד על הרגליים האחוריות", הוא סיפר. "בסוף נאלצתי להתפלל לבדי בחדר ישיבות של הקיבוץ, עד שנאלצתי לעזוב כי אי אפשר היה יותר לחיות שם גם בגלל הכשרות". מנהלת הקהילה בקיבוץ שמיר, מרב גרץ־רונן סיפרה בתגובה: "הקיבוץ הוא חילוני מובהק. נעשתה הצבעה בקלפי ורוב מוחלט מתוך 400 בעלי זכות הצבעה התנגד להקמת בית כנסת. מי שמבקש להתגורר אצלנו צריך לדעת שאורח החיים הוא חילוני".
שר הפנים, אריה דרעי, הגיב באומרו: "נשגב מבינתי איך במדינת היהודים יש עדיין יישובים שמתנגדים לבקשת תושבים להקים בתי כנסת", אמר דרעי והוסיף: "זה מקומם ביותר, ואני מתכוון לפעול לתיקון האפליה והפגיעה בחופש הדת. רק תתארו מה היה קורה לו היו מונעים מיישוב ערבי להקים מסגד. לעומת זאת, אני שמח לשמוע כי בהרחבות בקיבוצים רבים בצפון יש דרישה של תושבים להקים בתי כנסת, ואלה, בחלק מהמקרים, ברוך השם, אכן נפתחים ואנשים מתפללים בהם, דבר שלא היה שנים רבות".
תגובה לדברי מכלוף דרעי:
"רק תתארו מה היה קורה לו היו מונעים מיישוב ערבי להקים מסגד"
ובכן, מי היה מונע? אם בעיר ערבית או בכפר ערבי, יש מיעוט המעוניין להקים מסגד, ורוב תושבי המקום מתנגדים – מה היה קורה? לא היה קורה כלום.
לא מדובר פה בקיבוץ שתושביו רוצים בית כנסת והמועצה או המדינה לא נותנים להם. מדובר כאן בקיבוצים חילונים אוכלי שרצים, שמפחדים להפוך למקומות דתיים ומסורתיים ולכן הם לא רוצים בתי כנסת. זכותם.
אבל אל דאגה, בקרוב מאד הם ייהפכו להיות המיעוט כפי שכבר קורה בכמה קיבוצים, שבני הקיבוצים חוזרים בתשובה וממשיכים לגור בקיבוץ, למשל בקיבוץ איילת השחר.